O Basquete rubro-negro começou sua trajetória de vitórias em 1919, quando ganhou seu primeiro campeonato. Título que voltou a conquistar em 1932, durante o Campeonato da Cidade do Rio de Janeiro. Foi só o primeiro passo para que os títulos estaduais começassem a aparecer. O tricampeonato conquistado em 1933 (este invicto), 1934 e 1935 ficou na memória dos amantes da modalidade. No período de 1934, 1949, 1951 e 1953, o Flamengo foi campeão brasileiro em campeonato organizado pela antiga CBD (Confederação Brasileira de Desportos).

Passados treze anos, a coordenação técnica ficou a cargo de Togo Renan Soares, o Kanela, que hoje dá nome ao ginásio. A chegada do novo técnico revolucionou a história do basquete rubro-negro e acabou com a "seca" de títulos. Em 1948 e 1949, o Flamengo foi bicampeão estadual. No ano de 1951 Gilberto Cardoso se torna presidente e a partir daí o Flamengo entraria na década de ouro do basquete rubro-negro. O presidente que mais tarde viria a falecer durante o jogo da final do Campeonato Carioca de Basquete em 1955. De 1951 a 1960, o Flamengo se sagra decacampeão carioca. Durante esses 10 anos, foram 193 vitórias e 4 derrotas. A equipe formada na época destacou atletas que fizeram nome no Clube como, Algodão, Gedeão, Alfredo, Godinho, Guguta, Waldyr Boccardo, Fernando Brobró (campeão do mundo em 1959 e 1963), Arthur, Zé Mário, Tião Gimenez e Ardelum. Algodão participou de toda a campanha do "deca" e foi tricampeão brasileiro em 1949, 1951 e 1953. Pela seleção brasileira foi campeão sul-americano, em 1958 e campeão mundial em 1959.

O basquete masculino do Flamengo voltou a conquistar títulos em 1962, 64, 75, 77, 82, 84, 85, 86, 90, 94, 95, 96, 98, 99 e 2002. Atualmente, o Flamengo é pentacampeão estadual, com os títulos de 2005, 2006, 2007, 2008 e 2009.

Nas décadas de 70 e 80, o destaque da equipe era Pedrinho. Entre os anos de 99 e 2003, o grande nome do basquete rubro-negro foi Oscar Schmidt, o "Mão Santa", que encerrou a carreira no Clube.

Em 2008, o Flamengo começou a formar uma grande equipe e conquistou pela primeira vez o Campeonato Nacional. Já em 2009, o Flamengo com uma grande equipe já formada, sagrando-se campeão da Liga Sulamericana e bicampeão do Campeonato Nacional, vencendo a primeira edição do Novo Basquete Brasil.

No feminino, o basquete rubro-negro foi bicampeão brasileiro em 1954 e 1955, com o talento de Carminha, Edyr Marques - Didi, Marina, Regina, Ivanira, Luiza Helena Micelli. Exatos dez anos passados, em 1964 e 1965, a equipe voltou a ser campeã brasileira, com algumas atletas que conquistaram o primeiro "bi". Norminha, Angelina, Marlene e Delei (da seleção brasileira) foram campeãs no Pan-Americano de 1967, em Winnipeg no Canadá.